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提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

福建一中学建校120周年 院士校友致辞共勉******

  中国工程院院士郑绵平作为校友代表致辞。 张金川 摄

  中新网漳州12月25日电 (记者张金川)福建省漳州第一中学25日举办建校120周年庆典大会,活动通过线上线下相结合。

  漳州一中西湖校区。 张金川 摄

  “欣逢盛世纪,恰同学少年,为吾中华兴,正是攻读时。”中国工程院院士郑绵平作为校友代表在大会上致辞时与同学们共勉。65届校友、中国科学院院士吴硕贤等海内外校友,也通过文字、视频等不同形式为母校发来祝福。

  漳州市市长王进足致辞。 张金川 摄

  漳州市市长王进足在致辞时表示,希望漳州一中以120周年校庆为新起点,继续弘扬优良办学传统,深入推进改革创新,提升教育教学水平,加强高素质、专业化、创新型教师队伍建设,切实发挥教育领域引领示范和品牌带动作用,办好人民满意教育,打造全省教育高地。

  庆典大会上举行捐赠授牌仪式。 张金川 摄

  漳州一中的前身是1902年创建的漳州府中学堂,1952年正式命名为福建省漳州第一中学,1996年通过了省一级达标学校验收,到2020年形成“一校三区”“一山两湖”(芝山校区、碧湖校区、西湖校区)的办学新格局。

  漳州一中党委书记、校长林顺来致辞。 张金川 摄

  “树人年年情依旧,人生代代无穷已”,漳州一中党委书记、校长林顺来在致辞时指出,漳州一中始终没有忘记自己的教育使命和社会担当,在各行各业为国家和民族培养了一代代杰出的人才,如王兆培、邱廑兢、汤铭盘、王占春、高捷成、王德、彭冲、方毅、柯联魁、苏静、李兆炳等一大批革命先驱,以及高庆狮、郑绵平、吴硕贤、谢阿海等科学精英。

  文艺演出。 张金川 摄

  文艺演出。 张金川 摄

  作为“全国文明校园”,漳州一中放眼世界,接轨国际,与英国伊钦学院联合办学,积极探索国际化教育的发展之路。(完)

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